明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于
被家族断绝关系的胆小龙族之子·莱迪。他为了在生存着多种多样种族的广大世界中活下去，为了寻找让弱小的自己也能安心的住宅，而踏上了旅程。途中莱迪遭遇了勇者一行，而拯救他脱离危机的是自称不动产商的精灵·迪亚